かつて人間界を恐怖に陥れた 妖邪界の封印が解けると、 数多の妖邪兵が侵攻を開始した。 人類の危機に駆けつけたのは、 若き五人のサムライたち。 その名は、 サムライトルーパー！！ 彼らの闘いの日々が、 新たに幕を開ける！
